Tidak ada batas waktu yang pasti dalam seri. Namun, karena Higuchi mulai bekerja pada seri tahun 2003, diyakini bahwa seri dimulai pada tahun yang sama. Gakuen Alice koleksi DVD rilis pada 30 Juni 2009 di North America. diyakini bahwa seri dimulai tahun 2009.
????: Gakuen Alice dibangun untuk anak-anak dengan kemampuan unik yang disebut Alice.
????: Himemiya menjadi Midlle School Principal (MSP).
????: Kuonji menjadi Elementry School Principal (ESP).
1960: Kazumi Yukihira, yang masuk dalam akademi di usia muda, menjadi High School Principal (HSP).
1 Agustus 1970: adik Kazumi (HSP), Izumi Yukihara lahir.
11 Februari 1978: Kaoru Igarashi lahir dan masuk dalam akademi di usia muda.
14 Juli 1982: Yuka Azumi lahir.
1987: Yuka 5 tahun ditinggalkan di akademi oleh orang tuanya. saat usia ini mempunyai Instant Teleportation Alice.
Musim Semi 1992: Izumi 22 tahun bertemu saudaranya (18 tahun lebih tua darinya) untuk pertama kalinya memasuki akademi sebagai guru SD dan mempunyai Nullification Alice. Dia menjadi moderator untuk kelas Kemampuan Khusus (special ability) dan menjadi guru Yuka. Pertemuan pertama Yuka dan Izumi… Yuka berteman dengan Luna Koizumi.
1995: ESP menemukan Yuka yang sekarang berumur 13 memiliki Stealing Alice (mencuri alice) dan memaksanya untuk mencuri Alice orang lain. Yuka kemudian diselamatkan oleh Izumi dan Yuka mulai jatuh cinta dengannya, dan izumi mulai merasakan hal yang sama tentang Yuka , meskipun ia tahu itu salah yang menyukai muridnya sendiri .
1998: Yuka (sekarang 16) sekali lagi diselamatkan dari ESP. Kaoru yang menjadi favorit MSP menjadikan Yuka sebagai Hana Hime (putri bunga) yang dijaga oleh MSP di Hanazono . Setelah ESP memperingatkan bahwa ia tidak akan lepas dari Yuka, Yuka mengaku cintanya ke Izumi. Izumi menolak pada awalnya,karena menurutnya cinta guru dan murid terlarang, tetapi kemudian Izumi kembali pada perasaannya dan mereka memulai sebuah hubungan. Izumi memperkenalkan Yuka ke Rei Serio ( Persona ) yang dipenjara karena Alicenya yang berbahaya. Saat ini Izumi sebagai moderator untuk kelas Kemampuan Khusus (special ability).
Agustus 1998 : Izumi (sekarang 28 ) dibunuh oleh Persona/Rei setelah ESP memanipulasi Rei bahwa itu kesalahan Izumi yang membuat Rei terkunci dan dilihat sebagai orang yang berbahaya . Kematian Izumi dikabarkan diseluruh sekolah bahwa Izumi bunuh diri, tetapi ketika Yuka mencari kebenaran yang menyakitkan bahwa Izumi mati karena alice Rei yang telah dimanipulasi ESP.. Yuka memasukan Batu Alice Izumi dan Rei di tubuh ESP untuk menghentikan Alice yang dimiliki ESP, ESP meyusut menjadi anak2. Yuka kemudian lolos dari akademi, dan menemukan bahwa dia hamil anak Izumi. Yuka akhirnya hidup dengan Kaoru dan suaminya .
Mei 1999 : Mikan Yukihira lahir untuk Yuka dan Izumi .
November 1999 : Yuka melarikan diri dengan Mikan yang masih bayi agar tidak menimbulkan beban untuk Kaoru yang sakit dan hamil.
November 27, 1999 : Natsume Hyuuga lahir untuk Kaoru dan suaminya .
1 Januari 2000 : Sementara melarikan diri dari ESP, Yuka memutuskan untuk meninggalkan Mikan yang sekarang berusia 8 bulan, dengan seorang pria tua untuk melindunginya dari orang akademi yang ingin menangkap dirinya. Mikan diadopsi oleh pria tua itu sebagai cucunya dan berganti nama menjadi Mikan Sakura .
1 Mei 2001 : Aoi Hyuuga , adik Natsume lahir .
2001: Kaoru meninggal dalam kecelakaan mobil pada usia 23. (dikabarkan bahwa kecelakaan disengaja oleh ESP). Yuka bersumpah untuk balas dendam terhadap ESP yang telah menghilangkan semua orang yang paling dicintainya. Shiki Masachika membantu Yuka, kemanapun Yuka pergi shiki selalu menemaninya karena alice mereka berdua sangat mempunyai kecocokan sehingga kemanapun mereka pergi selalu lolos dari kejaran akademi, Yuka dan Shiki bergabung dengan Organisasi Z, organisasi penentang sekolah alice .
2007: Natsume (8 Tahun) pindah ke sebuah kota baru dengan ayah dan adiknya , di sana ia bertemu dan berteman Ruka (8 tahun) karena keduanya memiliki Alice. Mereka akhirnya mendaftarkan diri ke sekolah alice setelah Natsume mengambil alih kesalahan Aoi yang terkena penguat batu alice yang diletakan persona di jendela rumah mereka yang membuat seluruh desa mereka terbakar alice. Aoi disandera oleh akademi dibawah ESP.
Musim semi tahun 2009 : Mikan (10 tahun) bertemu dan berteman dengan Hotaru (9 tahun). Mikan tidak menyadari mempunyai Alice dan masa lalunya, tapi tahu Hotaru adalah Alice.
Musim semi tahun 2010 : Hotaru mendaftar di akademi untuk menyelamatkan sekolah mereka di desa yang akan dibongkar. Mikan tidak dapat menangani perpisahan dan pergi ke akademi untuk menemukan Hotaru. Mikan ditemukan guru akademi, Narumi di depan gerbang sekolah setelah merasakan bahwa mikan mempunyai alice dan memutuskan untuk membawa mikan ke sekolah alice. Ujian untuk Mikan agar diterima diakademi adalah mempunyai teman dikelasnya. kedatangan Mikan tidak diterima begitu saja oleh teman2 di kelasnya, karena kesan pertama Mikan yang buruk terhadap Natsume. (baca selengkapnya di Alice Academy Vol 1. Hahaha~). Setelah Mikan awalnya gagal untuk membuktikan bahwa dirinya adalah Alice kepada teman sekelasnya, Natsume memerintahkan mikan untuk pergi kehutan utara agar mereka percaya bahwa Mikan adalah Alice. setelah melewati berbagai hal dihutan utara Narumi menyimpulkan Mikan adalah Alice dan telah resmi terdaftar.
Jatuh tahun 2010 : Mikan beberapa bulan pertama yang selalu diganggu teman2nya sehingga dia mendapat Nothing Star dan tidak disukai oleh para guru karena kebodohannya. tersiksa oleh Natsume karena tanpa natsume yang jadi patnernya tidak dapat pergi ke Central Town. Namun, dia secara bertahap membuat banyak teman dan perlahan-lahan mendapatkan rasa hormat dari teman-teman sekelas dan gurunya setelah melewati berbagai hal diakademi dan diluar akademi.. contohnya seperti Kasus Z yang menculik Natsume (baca selengkapnya di alice academy vol 3) dengan kerja keras dirinya. banyak hal terjadi pada pertengahan tahun 2010 seperti festival budaya alice academy yang sangat ditunggu2 murid alice untuk menunjukan bakat2 alice yang mereka miliki berdasarkan kelas kemampuan mereka (baca selengkapnya di Alice Academy Vol 4 &5 ). secara perlahan-lahan Natsume mulai jatuh cinta dengan Mikan dan mikan mulai merasakan hal yang sama . Festival budaya berakhir masuklah masa-masa ujian yang tidak disukai murid alice yang bodoh (termasuk mikan. haha~). apabila mereka mendapatkan peringkat atas mereka dapat pulang kerumah selama 1 minggu. setelah mati-matian belajar peringkat atas didapatkan oleh Inchou. setelah seminggu Inchou pulang ke akademi mendapatkan dirinya kehilangan alice. (baca selengkapnya di Alice Academy Vol 6)
November 2010 : Setelah Z menyusup kedalam sekolah dan Hotaru menjadi sakit akibat terkena tembakan salah satu orang Z, Mikan mencari tempat persembunyian Z dengan bantuan Natsume,Ruka, dan Tsubasa. Sementara di sana Mikan bertemu ibunya Yuka, tapi tidak menyadari hubungan mereka berdua. Mikan dkk berhasil mendapatkan obat penawar untuk menyelamatkan Hotaru yang diberikan Yuka kepada Mikan . (baca selengkapnya di Alice Academy Vol 7 & 8)
24 Desember 2010 : Sementara mempersiapkan persiapan pesta Natal, Mikan bertemu Nobara. Selama pesta Natal, Mikan menerima ciuman di pipi dari Youichi dan Ruka. Dia kemudian menari dengan Natsume dan tidak sengaja mencium Natsume saat mereka berdua terjatuh dilantai karena ditabrak pasangan bodoh. Mereka kemudian memiliki ciuman nyata yang konsensual diatas pohon saat Mikan menceritakan ke Natsume bahwa ia bertemu ESP untuk pertama kalinya saat Mikan menari dengannya menggunakan topeng, tetapi topeng mikan sengaja dilepas oleh ESP. dan ESP mengingatkan mikan agar tidak kehilangan orang yang paling berharga. (di alice academy diceritakan kalau apabila topeng terjatuh/terlepas saat menari itu artinya kamu akan kehilangan sesuatu yang berharga). (baca selengkapnya di alice academy vol 9).
1 Januari 2011 : Mikan merayakan ulang tahunnya dan diundang ke HanaZono oleh MSP karena menemukan bola undian,Hotaru yang calon Hana Hime juga mendapatkan undangan. Keributan terjadi akibat tepung Mochi-mochi yang digunakan Tsubasa untuk main-main membuat Mikan dkk lengket satu sama lain. Efek hilang dalam 1 jam, tetapi akibat kepribadian yang dimiliki pemakannya Hotaru, Yoichi, Ruka tetap lengket dan efeknya akan hilang keesokan harinya. Mikan dan Natsume yang lengket akhirnya terlepas, tetapi Natsume tetap memegang tangan Mikan sehingga mereka juga dinyatakan masih lengket. Natsume ingin ikut ke HanaZono karena merasakan perasaan yang aneh. Tetapi karena MSP tidak suka laki-laki mereka diharuskan datang sebagai Perempuan. Saat di Hanazono efek tepung mochi-mochi terlepas mikan memiliki waktu yang sulit dengan anggota Hana Hime, tapi akhirnya menjadi sangat disukai. Natsume menemukan bahwa Aoi (adiknya yang ditahan sekolah) ada di ruang bawah tanah bagian SMP dan masuk perangkap untuk menghadapi Persona dan Kelas Dangerous Ability. Masa lalu Natsume dan Ruka terkuak setelah Ruka menceritakan masa lalu mereka. Yoichi dan Tsubasa bertempur dengan anak kelas Dangerous ability.. Mikan,Hotaru,Ruka datang untuk membantu tapi Mikan membuat dirinya terinfeksi oleh Alice Persona untuk melindungi Nobara dan Aoi darinya. Mikan berhasil mengalahkan Persona dengan Nulification alicenya dan pulih dari luka-lukanya dengan sadar menggunakan Stealing Alice. Aoi dikembalikan ke ayahnya karena tidak memiliki alice lagi dan Natsume memilih untuk tinggal di akademi karena ingin melindungi Mikan . (Baca selengkapnya di Alice Academy vol 10,11,12)
Musim semi tahun 2011 : Luna, mengecilkan diri kembali menjadi seorang anak-anak. (Luna adalah teman Yuka saat SD). Ia mendaftar di kelas Mikan sebagai mahasiswa baru untuk memata-matai mikan untuk ESP. Dia menarik pranks berbahaya pada Mikan dan frame untuk hal-hal buruk selama Festival Olahraga. Dia juga menyebabkan masalah antara Mikan dan Natsume dengan mengancam untuk menyakiti Mikan jika Natsume tidak patuh padanya. selama festival olahraga Luna terus-terusan mengganggu mikan yang berakhir dengan stealing alice mikan yang diketahui ESP. Akhirnya, semua orang menyadari apa yang telah Luna lakukan dan meninggalkan dia sendiri. (Baca selengkapnya di Alice Academy vol 14,15)
Musim panas 2011: ESP menyadari bahwa Mikan (sekarang 12 ) memiliki Stealing Alice (setelah Festival olahraga berakhir) dan memutuskan untuk memindahkan dia ke kelas Kemampuan Berbahaya (Dangerous ability) dan menggunakan Alice nya. Natsume menyelamatkan Mikan dan mereka lari ke HanaZono MSP dengan teleports. Mereka bersama dengan Hotaru dan Ruka pergi ketempat HSP. Mikan menemukan bahwa HSP adalah pamannya dan orang tuanya adalah adik almarhum adiknya dan Yuka Azumi . Dia dan teman-temannya melakukan perjalanan ke masa lalu dengan Nodacchi untuk melihat masa lalu ibunya, yang mengungkapkan Yuka ditinggalkan di akademi dari kecil, ESP yang selalu mengincar Yuka dan untuk kisah cintanya dengan Izumi sebagai remaja, kematian Izumi, Yuka yang melarikan diri dari akademi dan akhirnya kelahiran Mikan. Mengetahui sebegitu sulit Ibunya menanggung penderitaan selama ini, Mikan memutuskan untuk meninggalkan akademi dengan ibunya untuk melindungi teman-temannya. Namun, sebelum mereka bisa Yuka meninggal karena ledakan yang disebabkan oleh Goshima di gedung SMA. Untuk menjamin keamanan para siswa itu, Shiki yang mempunyai kekuatan yang tidak dapat ditandingi oleh siapapun karena batu2 alice yang dimasukan ketubuhnya oleh Yuka dan juga Ia mempunyai Alice pelindung seperti MSP karena hubungan kesaudaraannya menawarkan untuk menjadi MSP baru (karena saat itu MSP jatuh sakit dan anggota Z menyusup ke akademi dan menculik murid alice) dengan syarat jika ESP berhenti dengan aktifitas2 berbahayanya. ESP menerima dengan syarat bahwa ia memegang kendali Mikan, Mikan menerima dan dia kemudian dipenjara di Gedung Labriyth oleh ESP. (Baca selengkapnya di Alice Academy vol 17,18,19,20,21,22,23,24)
24 Desember 2011 : Merasa sedih karena Mikan tidak ada, Natsume pergi untuk mencarinya dan Shiki membuka penghalang (sebagai hadiah natal mereka berdua) untuk membiarkan mereka melihat satu sama lain. Mereka menyatakan cinta mereka satu sama lain dan membuat sumpah untuk bersama selamanya. disana Mikan dan Natsume berciuman untuk kedua kalinya. ESP memutuskan untuk mengundang Reo dan Z ke konser Tahun Baru untuk membentuk alligence dengan bos Z . (Baca selengkapnya di Alice Academy vol 25)
1 Januari 2012 : Teman-teman Mikan terkejut dan takut karena menemukan bahwa Reo kembali ke akademi (diceritakan sebelumnya Reo pernah menculik Natsume di RS, tetapi mikan dan shouda mengikuti mereka dan mereka diculik juga tetapi mereka berhasil lolos saat penghalang Z melemah dan guru2 alice membawa mereka pulang). Shiki mengungkapkan bahwa ESP dan Z memiliki hubungan rahasia dan mungkin berencana untuk menempatkan akademi dalam bahaya . Setelah menemukan bahwa Z berencana untuk membunuh ESP dan mengontrol siswa, Mikan dan teman-teman sekelas memutuskan untuk menghadapi ESP dan Z. Narumi, Shiki,dan tim HSP untuk membunuh ESP untuk melindungi para siswa . (Baca selengkapnya di Alice Academy vol 26)
3 Januari 2012 : Setiap orang menghadapi ESP dan Z. Mikan kabur dari kamarnya untuk menyelamatkan Nobara dari sekarat. Semua siswa kecuali Natsume dan Ruka melarikan diri dari pertempuran Z untuk keselamatan mereka sendiri sementara anak-anak membantu guru melanjutkan pertempuran melawan Z. Persona meyakinkan Mikan untuk membiarkan dia membantu melarikan diri dari akademi setelah membuktikan bagaimana dia begitu minta maaf untuk perbuatan masa lalunya yang membuat Ayahnya mati. Bos Z mengorbankan diri untuk melindungi ESP dari Natsume. Natsume terluka parah karena pertempurannya dengan ESP. Luna yang melihat ESP yang sedang sekarat memutuskan untuk mengambil jiwa/nyawa ESP untuk menghentikan kejahatanya. Mikan tiba di tempat kejadian tetapi Natsume meninggal. Mikan mengorbankan Alicenya untuk menyelamatkan Natsume tapi gagal. Hotaru dan Subaru pergi ke masa lalu untuk menyelamatkan Natsume di detik-detik terakhir. (Baca selengkapnya di Alice Academy vol 27,28)
januari 2012 : Mikan keluar dari akademi dan ingatannya akan dihapus karena sekarang ia telah kehilangan Alicenya. Dia menghabiskan satu minggu dengan teman-temannya, mengingat kenangan favoritnya, dan terus-menerus khawatir apakah dia akan melihat Natsume lagi. Sementara itu dalam aliran waktu masa lalu Hotaru,Subaru, dan Nodacchi tiba di saat Natsume kehilangan kesadaran, dan menyembuhkan Natsume untuk terakhir kalinya. Hotaru mengunjungi Mikan untuk terakhir kalinya sebelum ia dan Subaru mengorbankan nyawa mereka untuk mengirim Nodacchi dan Natsume kembali ke masa kini. Hari terakhir mikan di akademi, akhirnya Mikan kembali ke desanya . (Baca selengkapnya di Alice Academy vol 29,30)
Februari 2012 : Nodacchi dan Natsume kembali kemasa kini, meskipun Natsume hampir tidak sadar. Ia dimasukkan ke dalam rumah sakit dan ketika dia bangun dan mengetahui kepergian Mikan, ia hancur dan bersumpah untuk menemukannya .
Antara 2012 dan 2016 : Nobara pulih dari penyakitnya dan bertemu dengan Persona , dan melahirkan putri mereka .
2016 : Mikan (sekarang 16 tahun) masuk sekolah tinggi dengan tidak ada kenangan Alice Acacemy tapi kadang-kadang memiliki kilas balik. Ketika dia diserang oleh penculik dia diselamatkan oleh Natsume,Narumi,dan Goshima yang telah diam-diam mengamatinya untuk melindungi dirinya. Dia juga bertemu dengan Ruka,Tsubasa,dan Tono. mereka mengakui bahwa mereka telah datang untuk membawanya kembali ke akademi karena mereka berjanji untuk bertemu dengan dia lagi. Bertekad untuk membawa kembali kenangan Mikan, Natsume memberinya batu Alice kecil yang mikan berikan ke Natsume ketika mereka masih 11tahun, dan ketika batu alice diserap ke tangannya, Mikan mendapatkan kembali ingatannya. Dengan itu, Mikan senang bertemu dengan teman-temannya. dia dan Natsume melanjutkan hubungan mereka. Setelah mencari tahu tentang pengorbanan dan penghilangan Hotaru dan Subaru, Mikan bersumpah untuk menemukannya, dan mulai mencari mereka dengan Natsume dan Ruka di sisinya .